11、博士在剧场版《 绀碧之棺》中只给了柯南两支氧气管 ， 是不是他预料到柯南会把它们给小兰和园子 ， 不给自己留一支 ， 博士不应该只带了两只吧？
12、在剧场版《漆黑的追踪者》中 ， 博士已经知道了某人（松本警官）在甲壳虫上贴V行胶带是表达“help”的意思 ， 为什么却无动于衷呢 ， 在侦探团快找到松本警官时还说太晚了先回家 ， 好像有阻挠的意思啊 。
13、在剧场版《侦探们的镇魂歌》中 ， 博士给柯南的滑板增强了马力 ， 但似乎太强了（柯南自己也说过这一点） ， 是不是故意的啊 ， 在后来柯南逃跑时也似乎因为不适应而被击中滑板掉入河中 。
14、在剧场版《 通往天国的倒计时》中 ， 博士竟然没有阻止柯南和小哀预测十年后的长相 ， 若真的预测出来不是太危险了吗？
另外 ， 还有一个稍微弱些的依据 ， 就是青山刚昌总是喜欢给出出人意料的结局 ， 比如朱蒂是正义一方的FBI探员 ， 345集之前却把她表现的很像组织的人;同样 ， 博士是从第一集就登了场的一位慈祥的好人 ， 青山要把他设定为真正的BOSS ， 也很可能
NO.4 毛利小五郎
也有人相信毛利小五郎才是黑组织的首领 。 一个很好笑的理由是组织的成员代号都是酒名 ， 而毛利大叔很喜欢喝酒……此外毛利大叔有时忽然爆发的推理能力也使人生疑 ， 觉得他一直在装糊涂或者是大智若愚 。 其实毛利大叔的嫌疑是最小的 。 在TV425中 ， 琴酒曾下令枪杀毛利小五郎 。 见过"那位先生"本人的琴酒 ， 恐怕不会下令杀死组织的首领吧……
NO.5 工藤优作
新一的父亲也是怀疑对象 。 他具有超过柯南的推理能力 ， 还有在美国的神秘生活 。 组织磁盘中存有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒 ， 还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友 。 种种迹象表明 ， 工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛 。 另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生 ， 是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？那也不怎么可能,如果真是这样,为什么琴又要灌他毒药呢?
名侦探柯南的boss是谁 漫画《名侦探柯南》中的大boss是黑衣组织的首领乌丸莲耶 ， 常被称作“那位大人“ 。
乌丸莲耶是一名富翁 ， 黄昏别馆之主 。 半个世纪前“离奇死亡” 。 40年前的一场“乌丸莲耶追思会”的盛宴据称就是为追悼他举办的 。
实际上是黑衣组织的首领“那位大人” 。 是匹斯可长期侍奉的人物 。 邮箱地址的按键音是《七个孩子》的旋律（#969#6261） 。 很中意贝尔摩得 。 与琴酒、贝尔摩得直接联络 。 非常小心谨慎 ， 是“过河时敲石桥试探都会把石桥敲烂”的那种人 。 畏惧着赤井秀一（银色子弹） 。
扩展资料：
漫画《名侦探柯南》是连载于《周刊少年Sunday》的推理漫画 ， 开始连载于1994年 。 漫画讲述了主人公江户川柯南以天生的推理能力对抗神秘组织 ， 并与同伴一起解决无数案件的故事 。 作品亦改编为同名电视动画 。
作者流行的画风、多位登场人物之间的恋爱描写、江户川柯南等人物设定等方面得到了读者的广泛支持 。 本作于2001年获得第46回（平成12年度）小学馆漫画奖儿童向部门奖 。 改编的动画作品自1996年播出以来也保持着很高人气 ， 每年播映的剧场版都能在当年票房榜上名列前茅 。
自1994年问世以来 ， 作品至今已经连载了二十多年 ， 却依然经久不衰 ， 堪称日本动漫界的一大奇迹 。
参考资料：
名侦探柯南里黑暗组织的大BOSS是谁？ 工藤优作、毛利兰、阿笠博士、芙莎绘·坎贝尔·木之下、詹姆斯·布莱克、琴酒都已经被青山否认了 ， 还有毛利小五郎、铃木园子这些出场率高的也不是boss ， 用脑子想想就知道不可能是阿笠博士 ， 青山创造这个角色是为了对应《福尔摩斯》里的华生 ， 说白了就是当新一的助手 ， 作者说他画阿笠博士去救柯南的剧情就想向读者澄清阿笠博士不是boss 。 关于近期最火的乌丸莲耶 ， 他在之前就被作者否认了 ， 现在提出的乌丸莲耶一看就知道是烟雾弹 ， 他可能是组织的创始人 ， 但绝对不是现任boss ， 现任boss是乌丸莲耶的后代或借用乌丸莲耶的名义发号施令的人 。
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