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微生物肥料使用比较严格，施入到土壤后，需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般15天后可以发挥作用，见到效果，而且可长期均衡地供给作物营养 。
微生物肥料适宜的施用时间是清晨和傍晚或无雨阴天，可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死 。
微生物肥料应避免在高温干旱条件下使用 。 在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用 。 要结合盖土浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用 。
微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用，但应避免与未腐熟的农家肥混用 。 与未腐熟的农家肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效 。 同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用 。
微生物肥料应避免与农药同时使用 。 化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物，不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料 。
微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，因为包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发生改变，影响使用效果 。
由于微生物肥料是由活的微生物起作用，所以必须在有效期内使用 。
【【注意事项】微生物肥料的使用注意事项有哪些？】
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